Zum STALAG gehörten die zwei im Wald getrennt von einander angelegten Friedhöfe. Der zum STALAG näher gelegene heutige Gemeindefriedhof von Trutzhain war Bestattungsort für die verstorbenen polnischen und westeuropäischen Kriegsgefangenen. Auf dem zweiten, weit abgelegenen, begrub man die Todesopfer der von den Nazis als „Untermenschen“ deklarierten sowjetischen und serbischen Kriegsgefangenen sowie die Toten unter den italienischen Militärinternierten.
Die systematische Ungleichbehandlung und Trennung der verschiedenen Gefangenengruppen fand ihre Fortsetzung über den Tod hinaus in der Bestattungspraxis der im Lager verstorbenen Kriegsgefangenen. Die polnischen, französischen, jugoslawischen und amerikanischen Toten des STALAG IX A wurden auf dem heutigen Gemeindefriedhof Trutzhains in Anwesenheit eines Priesters, unter Geleit von kriegsgefangenen Kameraden bestattet. In der Regel fanden die Beerdigungen in der Mittagszeit statt, damit das Läuten der umliegenden Dorfkirchen für einen feierlichen Rahmen genutzt werden konnte. Den internationalen Vereinbarungen entsprechend, wurden die Angehörigen über den Tod und die Grablage des Verstorbenen benachrichtigt.

Die Gräber erhielten Holzkreuze mit den biographischen Daten der Toten. Beeindruckend ist noch heute das von französischen Kriegsgefangenen 1942 geschaffene Mahnmal der trauernden Frau sowie das an Stacheldraht erinnernde geschnitzte Eingangstor zum Friedhof.

Ende 1941 wurde für die sowjetischen und serbischen Toten der STALAG-Friedhof II angelegt.
Während die Bestattung der hier ebenfalls beerdigten italienischen Militärinternierten nach internationalen Gepflogenheiten erfolgte, wurden die sowjetischen und serbischen Verstorbenen in zum Teil mehrfach belegte Einzel- oder Massengräbern anonym verscharrt. Überdies fanden sich Beweise für die Abgabe von Leichen an die Anatomischen Institute der Universitäten Marburg und Göttingen.

Obwohl die Lagerbürokratie die Namen der im STALAG verstorbenen sowjetischen und serbischen Soldaten listen mäßig der Wehrmachtsauskunftsstelle (WAST) meldete und in einem Friedhofsbelegplan führte, wurden die Gräber nur mit nummerierten Betonpflöcken gekennzeichnet. Seit 1945 ist die Lagerkartei des STALAGs verschollen oder fragmentarisch in verschiedenen Archiven überliefert.
Auf dem STALAG Friedhof II ruhen vermutlich mehr als 300 sowjetische und serbische Tote. Nach langwierigen Recherchen konnten bislang 63 der dort begrabenen sowjetischen und drei Namen von serbischen Kriegsgefangenen ermittelt und auf Bronzetafeln dokumentiert werden. Die Forschungen werden in Kooperation mit dem deutsch-russischen Erschließungsprojekt zur Schicksalsklärung der in NS-Deutschland begrabenen sowjetischen Kriegsgefangenen kontinuierlich fortgesetzt.
Nach dem Zweiten Weltkrieg beerdigten die Amerikaner auf diesem Friedhof die Verstorbenen des Internierungslagers Ziegenhain; daneben fanden hier bis 1949 verstorbene nichtjüdische „displaced persons“ des IRO-Hospitals Steinatal ihre letzte Ruhestätte. Im Rahmen der Umbettung der Verstorbenen des Internierungslagers Schwarzenborn fand 1960 die erste Umgestaltung des Waldfriedhofs statt. Die noch vorhandenen sowjetischen und serbischen Einzel- und Massengräber wurden eingeebnet und unter Rasen gelegt.
1992 wurde dieser Friedhof nach einer erneuten Umgestaltung und Wiedersichtbarmachung der "russischen Grabreihen" als "Mahn- und Gedenkstätte Waldfriedhof Trutzhain" eingeweiht. Seine Betreuung und Pflege übernehmen seither die Abschlussklassen der Ziegenhainer Carl-Bantzer-Schule.